重庆市公共卫生医疗救治中心创建于1943年(原重庆市胸科医院)及1945年(原重庆市传染病医院)，是重庆市唯一的三级传染病专科医院，重庆市传染病诊断及治疗权威机构，重庆市结核病、耐多药结核病、艾滋病治疗定点医院，主城片区新发突发传染病集中救治医院。同时也是重庆市卫生健康委结核病医疗质量控制中心、艾滋病医疗质量控制中心、呼吸道传染病医疗质量控制中心等三个质控中心挂靠单位，以及西南大学附属公卫医院、陆军军医大学教学医院、遵义医科大学教学基地、研究生实践基地。

中心总占地面积690余亩(其中在建应急医院550亩)，在建应急医院编制床位2500张(含固定床位500张，临时应急床位2000张)，歌乐山、平顶山院区编制床位共800张。截止2021年9月30日，现有职工1105人，中、高级职称406人(其中高级职称152人)，硕士研究生学历及以上140人(其中博士10人)，博士生导师2名，硕士生导师4名，重庆市创新领军人才1名、“西部之光”访问学者1名、重庆市中青年医学高端人才4名。

中心主要拥有1.5 T医用磁共振成像系统、64排CT 、32排车载CT 、16排CT、全自动Gene Xpert 分子诊断系统、BD960全自动分枝杆菌快速培养监测系统、罗氏全自动核酸提取及荧光定量PCR仪、全数字彩色多普勒超声诊断系统、超高清电子支气管镜、电子胃肠镜、电子胸腔镜、腹腔镜、消化氩气刀、双能X线骨密度仪等医疗设备。

中心形成了歌乐山院区、平顶山院区和应急医院(巴南区)“三位一体”的新格局。歌乐山院区毗邻空气清新、风景秀美的歌乐山森林公园，主要承担重大传染病医疗救治任务和公共卫生传染病应急工作，在结核病和艾滋病的诊断治疗上力量雄厚，拥有一批全国知名专家，可快速确诊、有效治疗结核病和艾滋病等传染性疾病，并开展相关临床科学研究;平顶山院区交通便利，邻接小龙坎平顶山森林公园，主要承担综合性医疗救治任务，并作为传染病急危重症救治的重要支撑;应急医院位于巴南区，建成后将进一步完善重庆市公共卫生医疗救治体系，主要应对当前及今后可能发生的重大突发公共卫生事件。

中心集医、教、研、防为一体，是国家药物临床试验机构、国家级博士后科研工作站、国家中医药管理局“中医药防治传染病重点研究室”(临床基地)、中国肝炎研究中心临床基地、中华传染病医院管理协会副理事长单位，建有重庆市“传染病学”、“中医传染病学”重点学科，“感染科”、“呼吸科(结核)”、“影像科”临床重点专科，以及重庆市感染疾病临床医学研究中心、重庆市中青年医学高端人才工作室、重庆市中医药治疗艾滋病临床中心。先后主持并参与“十一五”、“十二五”、“十三五”国家科技重大专项及市科技局、市卫生健康委等各类立项科研项目80余项。与首都医科大学附属北京胸科医院、北京佑安医院、陆军军医大学西南医院等科研院所及医疗机构建立了长期、友好合作关系。

中心曾在历次传染病重大疫情医疗救治等工作中取得优异成绩，得到政府及社会各界的充分肯定和患者的一致好评，尤其是在2003年抗击“非典”和2020-2021年抗击新冠肺炎疫情工作中表现突出，分别获得“ 全国卫生系统抗击非典先进集体”“全国先进基层党组织”“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”“重庆市五一劳动奖状”等殊荣。中心正以“人才建院、依法治院、科技强院、文化兴院”的治院方针向着以传染病为特色，集临床、科研、教学为一体的重庆权威、西南前列、全国一流、影响全球的省级感染病救治中心和三级甲等专科医院目标迈进。